Das Kampfsystem selbst hat sich ebenfalls stark verändert und gewährt euch sehr viel mehr direkte Kontrolle über eure Kämpfer. Wählt ihr nämlich eine Aktion aus wie beispielsweise einen Angriff, einen Zauberspruch oder eine Beschwörung, lädt sich ein kleiner Balken auf, an dessen Ende die entsprechende Aktion folgt. Sollte ihr es euch anders überlegen, könnt ihr per Knopfdruck jederzeit die Aktion abbrechen und eine neue wählen.

Da es stellenweise ganz schön hektisch zur Sache gehen kann, bietet euch das Spiel die sogenannten Gambits, simple Routinen, die man der künstlichen Intelligenz eurer Gefährten zuweisen darf. So könnt ihr euren Kameraden sagen, sie sollen automatisch ein Gegengift benutzen, wenn sie vergiftet wurden oder bei Sichtkontakt sofort angreifen. Die Möglichkeiten steigen dabei im Verlauf des Spiels ins schier Endlose, verlangen aber auch einiges an Überlegung.

Die Gefahr, dass die Kämpfe durch die Benutzung von Gambits immer weniger Eingriffe durch den Spieler verlangen, scheint berechtigt, doch können jederzeit unvorhergesehene Dinge vorfallen, die man mit seiner limitierten Anzahl an Gambits nicht einplanen kann, womit diese nach wie vor nur eine Unterstützung für den Spieler darstellen. Zudem dürften spätestens bei den diversen, beindruckenden Bossgegnern die Gambits versagen, denn oft verändert sich die Situation im Kampf von einer Sekunde auf die andere und erfordern einiges an taktischem Geschick und viel Geduld. Insgesamt ist das Kampfsystem sehr gelungen und verhilft dem Spiel dank fliessendem Übergang zwischen Kampf und Erkundung zu mehr Dynamik, lässt andererseits etwas die Nostalgie der alten Teile vermissen.

Nach jedem Kampf erhalten eure Recken wie gewohnt einige Items, Erfahrungspunkte sowie Lizenzpunkte, die ihr auf dem Lizenzbrett, einer Art Schachbrett, ausgeben dürft. Jedes Feld auf dem Lizenzbrett steht dabei für eine freischaltbare Fähigkeit, die vom Ausführen mächtiger Zaubersprüche, diverser charaktereigenen Spezialattacken, sogenanter Mysth-Teks, der Beschwörung von mächtigen Bestien, bis hin zum Tragen einer simplen Rüstung oder das Führen einer Waffe reichen.

Dabei stellt euch die Knappheit an Lizenzpunkten oft vor interessante Entscheidungen bezüglich eurer Charaktere. So finden sich Felder, deren Freischaltung zwar einiges an Punkten kostet, aber dafür die Lebenspunkte enorm erhöhen. Wollt ihr stattdessen für einen Bruchteil dieser Punkte die Lizenz zum Tragen einer besseren Rüstung erwerben, nützt diese euch auch nur etwas, wenn ihr zum Händler geht und euch diese Rüstung auch wirklich besorgt. Hier schenkt euch das Spiel enorme Freiheiten, was die Weiterentwicklung eurer Helden anbelangt.